1209, l'armée croisée catholique conduite par Arnaud-Amaury, prélat du Pape et abbé de Citeaux, massacre la quasi-totalité de la population bitteroise, sans distinction d'âge ou de sexe. Environs 25000 morts, dont femmes et enfants qui s'étaient réfugiés dans l'église de la Madeleine.
Les habitants étaient restés soudés entre eux et refusèrent de livrer les chrétiens albigeois.
C'est lors du sac de Béziers, à Arnaud-Amaury, que fut attribuée la fameuse sentence "Tuez les tous ! Dieu reconnaitra les siens".
Les circonstances exactes du déclenchement du massacre nous sont mal connues, mais il semblerait que les "routiers" employé par l'armée croisée auraient pris les devant, suite à des provocations bitéroises (cf l'Epopée Cathare, M. Roquebert).

Béziers, comme d'autres villes d'occitanie où le pouvoir féodal était moins solidement implanté qu'en France, était une cité quasi-autonome jouissant de libertés communales, et où la liberté de culte existait.